Als Ansprechpartner für Interessenten und Kooperationspartner steht die ZEMI-Geschäftsstelle zur Verfügung.

ZEMI wird von einem Direktorium geleitet, dem die Direktoren der einzelnen Mitgliedsorganisationen und ihre Vertreter angehören. Die Arbeit des Direktoriums wird durch eine Geschäftsstelle unterstützt.
Sprecher des Direktoriums ist Prof. Dr. Klaus-Dieter Lang, Fraunhofer IZM. Ansprechpartnerin für ZEMI ist Doreen Friedrich.

ZEMI wird von einem Beirat aus Vertretern von Industrie, Politik und Wissenschaft beraten. Die Mitglieder des Beirates werden für die Dauer von drei Jahren auf Vorschlag des Direktoriums bestellt. Der Beirat soll die Arbeit des Direktoriums durch Empfehlungen zu folgenden Themen unterstützen:

• technologiebezogene Schwerpunktbildung im ZEMI
• Anstöße zu übergreifenden FuE-Aktivitäten
• Vorschläge neuer Arbeitsgebiete

Sprecher des Wissenschaftlichen Beirates ist Dr. Matthias Scholz, Geschäftsführer der Firma Lasertechnik in Berlin GmbH.